为了用双杂种系统选出与Ras相互作用的蛋白质，可建立一cDNA文库，在此cDNA文库中cDNA连接在VP16基因片段的C末

端。接着，将此文库转染已含Lex-Ras质粒的酵母细胞，在有XGAL、无组氨酸的平板上生长转化的酵母细胞，并分离蓝色菌落以进行下一步实验。

选择出不含LexA-Ras质粒，仅含VP16-cDNA质粒的“痊愈”细胞，这些细胞可用在缺乏组氨酸的平板上检查是否生长和在有XGAL存在时的显色情况而被挑选出来。那些不能在组氨酸平板上生长和有XGAL存在时形成白色菌落的“痊愈”细胞用LexA-核纤层蛋白质粒转化，并再次在上述平板上测试生长，只有那些在缺乏His的平板上不生长且形成白色菌落(含XGAL)的含LexA-核纤溶蛋白基因质粒的细胞可用于进一步分析。

在1.4×10⁶个原始转化体中仅有19个菌落满足详细分析的严格标准。再测定每种细胞中插入到VP16基因片段的下游的cDNA序列时，将发现：9个菌落(克隆)均有插入的cDNA，均与Raf丝氨酸/苏氨酸激酶的N末端相对应，6个与C-Raf对应，3个与A-Raf对应。

这是一个令人兴奋的发现，因为其他的工作仅能显示Raf的免疫沉淀物可使MAP-激酶磷酸化而激活，如果Raf真能与Ras结合，我们就能找到GTPase单体与MAP-激酶之间的级联中所缺少的一环。

为了验证上述发现所暗示的相互作用是否正确，可构建一些含融合蛋白基因的质粒，如麦芽糖结合蛋白与Raf间的融合蛋白(MBP-Raf)、谷光甘肽-S-转移酶和Ras的融合蛋白(GST-Ras)，之后让这两种融合蛋白质粒在细菌中扩增，在直链淀粉亲和柱上通过它们的混合物检验他们结合的能力，而直链淀粉亲和柱可与MBP-Raf结合。用麦芽糖洗脱被束缚的蛋白质，这时会发现一条明显的GST-Ras蛋白随着MBP-Raf蛋白一起洗脱的曲线。这个结论为双杂交系统的遗传学结论提供了生化证据。