第6题
你想扩增图16-3-36所示的两段序列间的DNA,在列出的引物中挑选合适于用PCR扩增DNA的一对。
第8题
有人建议用PCR扩增同该蛋白质结合的微量DNA,思路是(图Q25.8):①合成一组长为26个碱基的随机序列的寡聚核苷酸混合体,在该序列的两侧各有一段25个碱基的序列作为PCR扩增的引物位点[图Q25.8(a)];②把这些寡聚核苷酸加到含有转录因子的细胞粗提取物中,转录因子可以同含有结合位点的寡聚核苷酸结合;③用转录因子特异的抗体分离同转录因子结合的寡聚核苷酸;④用PCR扩增选择到的寡聚核苷酸进行序列分析。
图Q25.8 用随机的寡聚核苷酸选择和扩增特异的DNA序列(a)用于选择的原初随机序列的寡聚核苷酸,N代表任何一种核苷酸;EcoR Ⅰ和BamH Ⅰ位点有利于选择DNA的克隆和序列分析。(b)同序列特异的DNA结合蛋白结合的寡聚核苷酸的选择和序列分析方案按照这一思路,用0.2ng单链随机序列的寡聚核苷酸开始了这项实验,这个寡聚核苷酸可以同一个PCR引物结合成部分双链,经过如图Q25.8(b)所示的四轮选择和复制后,用BamH Ⅰ和EcoR Ⅰ消化分离到的DNA,将片段克隆到质粒中,并测定了10个独立的克隆(表Q25.1),问:
表Q25.1 10个克隆的序列
注:画线的序列是PCR引物部位,两种序列都是从BamH Ⅰ末端开始,所有序列中结合位点的方向都是相同的。
第10题
你的导师建议你用PCR来扩增该蛋白结合的少量存在的DNA分子。她的主意如图16-3-38,①合成一些26核苷酸长的随机寡核苷酸链,两边以确定的25核苷酸序列作为PCR扩增的引物位点(图16-3-38(A));②把这些寡核苷酸加到含转录因子的细胞粗提物中,转录因子能结合到带结合位点的寡聚物上;③用该因子的抗体分离出结合到该因子上的寡核苷酸链;④PCR扩增出该核苷酸链,并分析其顺序。
你用0.2ng的单链随机序列寡聚物开始实验,用PCR引物中的一个把它转变为双链DNA。在图16-3-38(B)中,四轮选择和扩增后,用BamHI和EcoRI处理分离的DNA,把片段克隆到质粒上,并给十个不同的克隆测序(表16-3-38)。